当前，上海正在全力打造亚太地区知识产权中心城市，浦东是亚太知识产权保护中心的核心功能区。上海自贸区地处核心功能区，相关知识产权负面清单暂未涉及，从知识产权保护角度而言，开放程度越高，保护难度也越大。自贸区强调放松管制、消除壁垒，促进自由贸易，重视货物的自由流动，但它绝不是知识产权侵权及犯罪的“避风港”。
上海自贸区现有知识产权保护机制。较之于境内自贸区外，上海自贸区实行“一线放开、二线安全高效管住”的海关监管制度，尽管实行特殊的海关监管制度，但绝大部分知识产权保护问题都能通过现有保护机制解决。例如，在自贸区内出现如假冒商标、侵犯著作权等知识产权侵权、犯罪问题，与境内自贸区外出现的问题并不存在任何差异，境内自贸区外的知识产权规则同样可适用于处理自贸区内出现的知识产权问题。除转运货物、贴牌加工等特殊问题外，其他知识产权问题在自贸区可能并不突出，或者利用现有知识产权保护机制能够解决。在特殊问题的解决过程中除应维护本国利益、促进自贸区发展之外，还应遵循基本法理。
上海自贸区知识产权侵权犯罪发展趋势预测。一方面，随着上海自贸区建设的稳步推进以及相关配套政策的逐步落实，未来可能有大量涉及电子信息类、生物医药类、互联网软件、高端装备、精密仪器制造业落户于此，或者与其发生关系。这些行业涉及的知识产权及相关技术秘密，有可能成为知识产权犯罪侵犯的重点对象，案件数量和复杂程度也均有可能显著提高。同时，国际政治与国际贸易的发展也对知识产权的保护水平提出了更高的要求。
另一方面，设立自贸区的一个基本考量就是通过在自贸区简化规则、放松管制和降低税收，便利国际贸易和投资。建立上海自贸区最核心的目标之一也是“促进贸易和投资便利化”。但是，一些不法分子可能滥用自贸区海关监管的软化实施犯罪行为，包括一些有组织的犯罪人员有可能利用自贸区实施假冒产品的制造、流通、销售和转运。例如，假冒货物的经营者可以通过在多个港口过境或者在自贸区之间转运货物，掩盖侵权假冒的事实，以逃避运输跟踪和货物检查;或者利用海关对自贸区保税仓库的监管宽松条件，把盗版和假冒产品“洗白”，以掩盖其非法来源。这些情况应引起立法及司法机关的警惕，以便未雨绸缪。
上海自贸区与未来知识产权刑事司法保护的展望。近年来，美国、日本、欧盟等知识产权强国或国际组织为应对所谓商业性假冒和盗版问题，在WTO等框架之外设立了《反假冒贸易协定》 (ACTA)及《跨太平洋伙伴关系协议》(TPP)。虽然我国政府没有加入上述两项协议的谈判，无需履行上述协定的义务，但是设立上海自贸区的初衷之一就是在上海自贸区这块试验田上建立与国际投资、贸易通行规则相衔接的基本制度框架。我国要利用自贸区开展国际贸易，贸易伙伴也不限于同处于知识产权弱势地位的发展中国家，还有美、日等知识产权强国。
与知识产权强国打交道，必须研究它们制定的知识产权保护规则，而且这些知识产权强国所制定的贸易协定及其包含的知识产权保护规则很可能成为未来国际贸易与知识产权保护的通行规则。如果我们没有充分的研究、准备，将会处于非常被动的地位。比如，ACTA刑事执法条款相对TRIP“而言有两项突破:第一，知识产权刑事犯罪的门槛降低;第二，将帮助、教唆、引诱他人侵犯知识产权的间接侵权行为纳入刑事处罚范围。根据ACTA对“商业规模”的定义，任一知识产权侵权都可能属于犯罪行为。而根据我国刑法的规定，知识产权侵权行为只有在严重破坏市场经济秩序的情况下才会受到刑事制裁。
因此，加强对ACTA、TPP知识产权规则的对比分析，对判断上海自贸区乃至我国知识产权刑事司法保护未来的发展趋势并尝试在上海自贸区建立与国际投资、贸易通行规则相衔接的基本制度框架均有着重要意义。